Theo đó, Chương trình đặt mục tiêu xây dựng và nhân rộng được các mô hình phát triển kinh tế nông nghiệp, phát triển kinh tế nông thôn phù hợp với điều kiện đặc thù, phát huy được thế mạnh của từng địa phương, vùng, miền (đặc biệt là tại các vùng khó khăn, vùng biên giới, vùng núi, vùng bãi ngang ven biển và hải đảo chưa đạt chuẩn nông thôn mới) trên cơ sở ứng dụng thành tựu khoa học, công nghệ, thúc đẩy liên kết sản xuất và phát triển thị trường theo chuỗi giá trị nhóm sản phẩm chủ lực quốc gia, sản phẩm cấp tỉnh và sản phẩm đặc thù địa phương.
Bên cạnh đó, Chương trình cũng đề ra một số chỉ tiêu và sản phẩm: Các giải pháp khoa học, ứng dụng công nghệ đảm bảo tăng hiệu quả kinh tế tối thiểu 15%, đồng thời thích ứng với biến đổi khí hậu và bảo vệ môi trường; ít nhất 70% mô hình triển khai trong Chương trình được các địa phương tiếp tục triển khai, nhân rộng.
Tối thiểu 80% mô hình phát triển kinh tế nông nghiệp và nông thôn được triển khai trong Chương trình có sự liên kết đa ngành, liên kết theo chuỗi giá trị và hợp tác công tư.
Tối thiểu 25% mô hình triển khai trong Chương trình được thực hiện ở các xã đặc biệt khó khăn, huyện nghèo, các địa phương chưa đạt chuẩn NTM, góp phần đẩy nhanh tiến độ đạt được các chỉ tiêu, tiêu chí thuộc Bộ tiêu chí quốc gia về NTM, thu hẹp khoảng cách giữa các vùng miền.
Một trong các nội dung của Chương trình là nghiên cứu hoàn thiện và đổi mới cơ chế, chính sách, giải pháp nâng cao hiệu quả thực hiện Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng NTM. Cụ thể, nghiên cứu cơ sở lý luận và thực tiễn để hoàn thiện cơ chế, chính sách xây dựng NTM bền vững gắn với quá trình đô thị hóa, hội nhập quốc tế và thực hiện các mục tiêu phát triển bền vững, xây dựng Bộ tiêu chí quốc gia về NTM cho các giai đoạn tiếp theo; nghiên cứu đổi mới cơ chế giám sát, đánh giá kết quả thực hiện chương trình.
Bên cạnh đó, nghiên cứu hoàn thiện cơ chế chính sách hỗ trợ xây dựng NTM theo hướng tích hợp các chương trình, dự án trên địa bàn nông thôn với Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng NTM nhằm thống nhất cơ chế, chính sách hỗ trợ địa phương triển khai hiệu quả các nội dung của Chương trình, góp phần nâng cao hiệu quả đầu tư, đảm bảo không trùng lắp, chồng chéo, lãng phí nguồn lực.
Đồng thời, nghiên cứu giải pháp xã hội hóa, hợp tác công tư trong đầu tư, phát triển, quản lý và khai thác công trình bảo vệ môi trường, hạ tầng nông thôn, hạ tầng thương mại phục vụ sản xuất nông nghiệp và phát triển nông thôn bền vững.
Nghiên cứu giải pháp phát huy vai trò của chính quyền, nâng cao năng lực đội ngũ cán bộ các cấp (đặc biệt là cấp cơ sở) trong việc thực hiện Chương trình NTM; giải pháp phát huy vai trò chủ thể của người dân và cộng đồng; giải pháp nâng cao nhận thức, chuyển đổi tư duy của cán bộ và người dân về xây dựng NTM; giải pháp phát triển và thúc đẩy vai trò của các tổ chức xã hội trong xây dựng NTM, phát huy bản sắc văn hóa và bảo vệ môi trường hướng đến các mục tiêu phát triển bền vững kết hợp tăng trưởng xanh.
Chương trình còn có các nội dung: Nghiên cứu các giải pháp phát triển kinh tế nông thôn, xây dựng nông thôn bền vững; xây dựng các mô hình NTM trên cơ sở ứng dụng các giải pháp khoa học và công nghệ để phát triển kinh tế, xã hội; thực hiện các hoạt động truyền thông nâng cao nhận thức xã hội và quảng bá thành tựu khoa học công nghệ phục vụ xây dựng NTM.